  can't be alive without you. why don't I miss you     
ゲームが好きな内気な少年・武藤遊戯がパズルの最後のピースをはめて、逆四角錐の千年錘を完成させると、少年の中に「名もなきファラオ」としてもう一人の人格が目覚める。
この時エジプトでもう非なるのパズルが共鳴する。その形は正四角錐。そして邪悪な影が永い眠りから目覚めた。「我がなはアヌビス。ﾌｧﾗｦ尾滅ぼし、ファラオを生むものなり」
あるデュエルのまっただ中、いきなり３体の神がフィールドに召還された、神を従えるのはもちろん遊戯だ。コレに対抗するのは…海馬瀬人だ。ブルーアイズホワイトドラゴンを３体融合させて、ブルーアイズ・アルティメットドラゴンを召還し、さらに「巨大化」で攻撃力を９０００にまで引き上げて攻撃する。が、オベリスクの両拳から発生されるソウルエナジーＭＡＸ（攻撃力∞）は超えられない。そのすさまじいエネルギーの衝動で、画面が揺れ、映像は消えてしまう…すべては海馬コーポレーションの研究室でのシュミレーションであった。
「３枚の紙のカードを超えずして未来はない！！」海馬は「神を超えたい」と強く心に刻む。
デュエルモンスターズの創始者ペガサスは不可解な夢にうなされる。それは三幻神獣が現れ、その背後に光のピラミッドが出現するもの。コレは何を暗示しているのか？そのペガサスの背後には邪悪な影が立っている。「三幻神を超える力を我が”ブルーアイズ・ホワイトドラゴン”に与える…そのためにはあの男に会うしかない！」海馬はペガサスを訪ねて封印された１枚の「神をも超えるカード」を賭けて決闘を行う。ペガサスのトゥーンデッキに挑む海馬…。
ある日童実野町美術館を偶然訪れた、遊戯と杏子。遊戯は展示された正四角錐のパズル「光のピラミッドのオブジェ」は光の王の象徴で、遊戯の千年錘の対極をなすもであると知る。
更に隣室に展示されたミイラの棺の前で、遊戯は不思議なビジョンを見る…。
「光と闇交わるとき、光の王、闇の神獣を滅ぼし、闇の王を消しさらん」という言葉とともに、遊戯・海馬が倒れ、邪悪な影だけが生き残る、謎のビジョンだ。そして海馬が遊戯に決闘の挑戦を仕掛けてきた。条件は三枚の神のカードをデッキに入れること。ビジョンの意味と運命を考える遊戯…。
…闇の王はもう一人の遊戯を意味し、光の王は海馬を指すのだろう、では、破壊の王とは何者だ？…そして邪悪な力を感じる…海馬を危機から回避させて、邪悪なものと対峙するには、海馬と決闘して勝つことしかない。予言しされた未来を変えよう！と遊戯は決意する。
そしていよいよ決闘開始！遊戯は決闘序盤で「オシリスの天空竜」を召還して、一気に勝負を決めようとする。しかし海馬はひるむどころか、「オベリスクの巨神兵」と「ラーの翼神竜」をも強制的に召還させる。あえて敵に超強力モンスターをそろえさせた海馬。いったい何をたくらんでいるのか…？
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