この表が一番まとまっているかな。
http://www.j3league.jp/status/

　１２クラブといっても、下の記事にあるＵ２２選抜チームが参加する（らしい）から、実質１１クラブ。

（とりあえづ今年暮れのＪ２Ｊ３の入替は考慮せず）
　町田、金沢、讃岐、秋田、相模原、長野→現ＪＦＬでＪ準加盟承認済
　福島Ｕ、ＹＳＣＣ、栃木Ｕ、藤枝、滋賀、琉球→現ＪＦＬでＪ準加盟申請中

　申請中の上記６チームから１チームが落ちる、のかね。。。

　ちなみに地域リーグからの申請チームは

ヴァンラーレ八戸、グルージャ盛岡（東北１部）、ｔｏｎａｎ前橋（関東１部）、ＦＣ鈴鹿ランポーレ、アスルクラロ沼津（東海１部）、奈良クラブ（関西１部）レノファ山口（中国）

だそうだ。

■サッカーＪ３、１２クラブ３回総当たり戦制で
(読売新聞 - 07月16日 21:28)
http://news.mixi.jp/view_news.pl?media_id=20&from=diary&id=2505742

　Ｊリーグは１６日の理事会で、来年度から創設されるＪリーグ３部（Ｊ３）について、参加クラブ数を１２とし、３回総当たり戦制とすることを決めた。参加クラブは１１月の理事会で決まる。
　現在、Ｊ３入会の可能性があるのは、すでに準加盟の日本フットボールリーグ（ＪＦＬ）の６クラブに加え、先月までに準加盟申請した１３クラブ（ＪＦＬ６、各地域リーグ７）の計１９クラブ。準加盟やＪ３ライセンスの審査などを経て、参加が決まる。
　若手育成のため、１チームは、Ｊ１、Ｊ２クラブに所属するＵ―２２（２２歳以下）の選手による選抜チームとすることも検討されている。